拿督翁決意要巫統開放門戶，接納非馬來人為黨員，但為巫統大多數黨員反對，他憤而離開巫統，另起爐灶。

拿督翁惹化（DatoOnnBinJa'afar）催生了巫統的成立（1946年），那時他擔任柔佛州務大臣（署理），因此有足夠的條件號召馬來人大團結。

在邁出成功的第一步，迫使英國放棄“馬來亞邦聯”（MalayaUnion）政制後，拿督翁再接再厲，促成英國同意於1948年2月1日實施馬來亞聯合邦政制。在這個制度下，英國仍然控制一切，議會內的大多數議員是委任的。不過它保留了馬來各州統治者的地位和馬來人特權地位。

英國殖民政府也在某種程度上開放，允許其他政黨成立，可以和平爭取政治勢力，也可以和巫統協商合作。英國這樣做是要抵消馬共的影響力，同時，在取得較大的政治控制權後，傾全力對付馬共帶來的威脅。

最明顯的實例，是英殖民政府於1948年6月23日宣佈馬來亞進入緊急狀態，宣佈馬共為非法組織，全面向馬共宣戰。

在此時局下，身為馬來人領袖的拿督翁有其另外的想法，他雖然與英國關係良好，但不是唯命是從的。在緊急法令頒佈後，他認為他的第二個步驟是要凝聚各族人民的力量，成為名副其實的馬來亞各族人民的領袖，不局限在一個族群中。這種遠大的抱負是跨時代的構思，不是每個人都接受的。

雖然如此，毅力堅定的拿督翁按照其心願於1948年12月31日在其新山住宅召開21 名各族領袖會議，決定成立“各民族聯絡委員會”，成員包括敦陳禎祿在內，積極推動政治改革，包括改變巫統的特性和黨章。

拿督翁認為，既然巫統已告穩定和強大，雖然有異議份子離開巫統，另行組織或左傾或有濃厚宗教色彩的馬來政黨。在尚未對巫統構成威脅前，他要巫統變得更強大和更有代表性。其中所考慮的因素是爭取中庸的華人加入他的鬥爭行列，不再偏向馬共。

可是，他的這一步伐剛晉進一步，便受到巫統黨內的大多數人反對。拿督翁在與陳禎祿等人合作時，認為時機可能已告成熟，可以用巫統作為馬來亞的政治主導力量，不必再排斥非馬來人，大膽建議開放巫統門戶，讓非馬來人也可以成為黨員或附屬黨員。

他同時也建議，巫統不妨接受“各民族聯絡委員會”的建議，檢討有關公民權的問題，以緩和非馬來人的擔心和不滿。如果這些建議可行，則巫統可以改名為馬來亞國民統一機構（原名是馬來亞巫人統一機構）（英文簡稱仍用UMNO）。

拿督翁這種當時被視為開明的態度，在1950年5月在吉隆坡舉行的特別會議上，試圖說服巫統大多數黨員接納。

不過，事與願違，巫統大多數黨員拒絕了拿督翁的建議，視此舉威脅到馬來人的權利和地位，一份馬來刊物“MAJLIS”毫不容情地抨擊：“拿督翁已成功地挫敗‘馬來邦聯’（MalayanUnion），它是否又捲土重來呢？麥唐納和陳禎祿已說服拿督翁，而陳禎祿也獲得馬來人領袖包括拿督翁的信任重燃這個火焰，試圖應用一個民族理想來消滅共產黨。但為何我們應當和外人來平分權利？”文章在馬來社會引起共鳴，特別是巫統黨員，他們紛紛向拿督翁施壓力，要他放棄這一念頭。

由於拿督翁十分堅持他的理想，在1950年6月10日的巫統大會上，他憤然宣佈辭職。這一下子，整個局面沸騰。他們不是不支持拿督翁的領導，但毫不妥協反對他的“門戶開放”及開放公民權的建議。

對此，許多巫統分支部紛紛挽留，要他打消辭職念頭。

3個月後，巫統的另一個代表大會，又一致投票支持他當選全國主席，且在原則上接納各族聯絡委員會所提出的有關公民權的建議。

至此，一場辭職風波總算暫時平息。

儘管如此，拿督翁並未放棄其立場，他再度提出要開放巫統門戶，讓非馬來人也可成為普通黨員。成為第一個多元種族的政黨，不用說拿督翁再次撞板，結果反拿督翁的關鍵人物之一正是來自新加坡的馬來人同盟主席敦薩頓（已故，前中央部長，最後官職擔任檳州元首）。

這一場鬥爭，從1949年開始，一直僵持到1951年8月21日，拿督翁眼見其大計無法在巫統黨內推展下，決心再度辭職。

這第2度辭職，他不再吃回頭草。很快的，不到一個月宣佈另組獨立黨（ IndependenceMalayaParty，1951年9月16日成立），為顯示這是一個多元種族的政黨，拿督翁邀請陳禎祿主持大會（那時馬華公會已成立，成立於1949年，當時馬華公會仍未肯定應支持拿督翁或巫統，陳禎祿則選擇支持拿督翁），並接納馬華總秘書楊旭齡及財政邱德懿為中委。

這樣一來，拿督翁得到的支持不僅來自馬華，而且國大黨，急進黨（林蒼佑的黨）及雪州勞工黨也表明支持其政策，聲勢非同小可。

另一方面，英國也偏向拿督翁，以致他在政府中佔了優勢。

可以說，拿督翁靠其個人魁力，震撼整個馬來社會和馬來亞政局，幾乎已形成一個危及巫統生存的新局面。

反觀拿督翁離開巫統後，不是急先鋒薩頓取而代之，當時他還不成氣候，沒有這種威望。取代拿督翁的是來自吉打巫統主席的東姑阿都拉曼。

他是一名王子，在保守的馬來社會得到應有的尊敬，也得到統治者的認同。東姑憑其皇族背景，在巫統的真空底下，正好填補拿督翁的空缺，歷史又掀開另一章。如果拿督翁成功改變巫統，或不離開巫統，馬來亞的歷史就要改寫，首任首相將是拿督翁，不是東姑阿都拉曼。