1960：

8月，東姑以首相身份宣佈結束實施了11年的緊急狀態。

1961：

東姑提出馬來西亞概念，建議擴大馬來亞聯合邦版圖，將新加坡、汶萊、沙巴和砂勞越(北婆)納入而成為馬來西亞聯邦。此議一出，引起爭議，執政黨方面大加表揚，反對黨則大力譴責，斥為“新殖民地產物”，形成兩個強烈的對照。

印尼在蘇加諾總統主政下，全面反對馬來西亞，並展開對抗運動，形勢緊張。

巫統內部出現黨爭，農業部長阿都亞茲大力推動合作社運動，要東姑仿效蘇聯的農業制度，興建肥料廠協助農民，但此議被認為耗資太大，東姑一口拒絕，種下兩人失和乃至在黨內進行斗爭。

1962：

1月，拿督翁不幸逝世，其國民黨也宣告瓦解，人亡政息。

10月，巫統改選，東姑巧妙地把阿都亞茲拉下馬，後者競選蟬聯副主席宣告失敗，也因此被促辭農業部長職。

1963：

7月，阿都亞茲率支持者離開巫統，另組國民議會黨(National Convention Party)，準備和巫統爭地盤。

9月16日，馬來西亞聯邦正式成立，除開汶萊不加入外，新加坡，沙巴和砂勞越則納入馬來西亞，脫離英國統治。

9月，阿都亞茲的國民議會黨候選人參加雪州州議席補選，敗給巫統。

1964：

阿都亞茲的國民議會黨加入社陣，與勞工黨及人民黨聯手，準備全面出擊，震撼聯盟執政權。

4月，東姑宣佈全國大選。在印尼的對抗下，聯盟在104個國席中，取得輝煌的勝利，共奪得89席，反對黨潰不成軍，尤其是社陣，只贏得兩個國會議席。但人民行動黨(李光耀的黨)則贏得一個國席(蒂凡那)，林蒼祐(民主聯合黨)也重入國會(原本是獨立前的立法議員)，回教黨仍保有吉蘭丹執政權。

1965：

政府展開大逮捕行動，扣留了阿都亞茲，回教黨主席巴哈魯丁，勞工黨主席依薩，社陣主席哈斯諾，人民黨總秘書達朱丁，指責他們意圖在印尼協助下，在海外成立“流亡政府”。

8月9日，新加坡退出馬來西亞，成為獨立國家。

1966：

印尼發生政變，蘇加諾倒台，蘇哈多上台，結束馬印對抗。

1967：

巫統第三號人物伊斯邁醫生以健康為由，宣佈辭卸內政部長職，息影政壇。

政府推出國語法案，宣佈馬來文為國家的唯一官方語文。

1968：

民政黨成立，準備參加全國大選。

華教問題日益嚴重，困擾馬華，也間接影響巫統。

副首相拉薩在巫統和政府第二號人物地位繼續鞏固和加強。

中央政府化解東馬(砂勞越)政治危機。

1969：

5月10日，全國大選，勞工黨宣佈抵制，其他反對黨達成默契，共同抗衡聯盟政府。選舉結果，聯盟大跌眼鏡，在西馬104國席中，只取得64席(巫統51，馬華13，國大黨2)，雖仍執政，但聲望大跌。尤其喪失檳州執政權(民政黨崛起)，回教黨仍在吉蘭丹執政。

5月13日，爆發了“513”種族暴亂事件，全國戒嚴進入緊急狀態，終止國會民主，政府成立全國行動理事會，由拉薩出任主任，大權在握，東姑雖仍任首相，已無實權。

馬哈迪在吉打州哥打士打國席競選失敗，於6月17日致公開函要求東姑辭職，引發一場大論爭，導致被巫統中止黨籍。

慕沙希淡被解除政務次長職，到英國深造。

伊斯邁醫生被拉薩重召入閣，出任內政部長，以安定局面。