由於種族問題已告白熱化，終於在一九六九年五月十三日爆發了暴亂事件，首都吉隆坡首當其衝，其他各地接著發生騷亂。

根據全國行動理事會公佈的報告書“五一三悲劇”，引述警方的傷亡數字如下：一九六九年五月十三日至同年七月卅一日止

(A)各族死亡人數：
華人一四三名，馬來人廿五名，印人十三名及其他人士十五名。合共一九六名。

(B)各族受槍傷人數：
華人一二五名，馬來人廿七名，印人十七名，其他一名。合共一０八名。

(C)各族遭受其他武器攻擊的受傷人數：
華人一四五人，馬來人九０人，印人九人，其他十五人，合其二五九人。

(D)遭警方拘捕及控於法庭之各族人數：
華人五一二六人，馬來人二０七七人，印人一八七四人，其他六六人。合共九一四三人。

(E)各族人士報失而未尋獲者：
華人廿五人，馬來人七人，印人七人，含共卅七人。

註：「其他」人士包括混種人、歐人、泰人、巴基斯坦人及新加坡人。

種族的緊動和暴亂達致如此嚴重的地步，在馬來西亞歷史上，是前所未有的，令人驚駭。內政部長敦義斯邁醫生宣稱：“馬來西亞的民主已告死亡”。

五月十三日晚上十點卅二分，首相東姑珂都拉曼在電視台宣佈雪州進入緊急狀態，吉隆坡實施戒嚴；並指責反對黨(由非馬來人支持的)應對此悲劇負全責。第二天，最高元首宣佈全國進入緊急狀態，中止國會，暫時停止在東馬－－沙巴及砂勞越的國會選舉。

第三天，東站在巫統的急進派的壓力下，宣佈成立以孰拉薩為首的全國行動理事會NATIONAL OPERATlON COUNClL，作為行動理事會總主任的敦拉薩，直接從元首處獲得實權，湧現成為馬來西亞的強人，擁有全面的行政權力。

東姑成為內閣的名譽首長(仍任首相)，只向全國行動理事會提出忠告。

全國理事會的其他成員包括：敦依斯邁醫生、拿督韓沙、敦陳修信、敦善班丹、旦施利阿都卡迪(公共服務局總監)、旦施利雅沙里沙菲依(外交部常務秘書)，旦施利默哈未沙禮(大馬總警長)、東姑奧斯曼將軍(武裝部隊參謀長)及拿督依布拉欣准將被委為理事會首席執行官。較後東姑奧斯曼退休，由旦施利哈密比丁將軍接任，不久又由拿督依布拉欣接任，仍保留首席執行官職務。

東姑阿都拉曼並不在理事會中，但他聲稱“仍是國家首相，副首相及全國行動理事會主任敦拉薩將向他諮詢及聽取指示”事實是，敦拉薩已逐漸地掌握國家的實權。

緊急時期的內閣部長如下：首相東姑阿都拉曼，副首相敦拉薩，兼任國防部長，代財政；內政部長敦依斯邁醫生(在五一三後被召回內閣)，新聞暨廣播部長拿督韓沙，公共工程、郵政及電訊部長敦善班丹，勞工部長馬尼卡華沙甘，交通部長旦拖利薩頓，工商部長佐哈里，農業暨合作社部長凱沙里，教育部長拿督阿都拉曼耶谷，國家暨鄉村發展部長嘉化峇峇，司法部長干尼基隆，福利部長旦施利花蒂瑪女士，文青體育部長翁姑慕申，砂勞越事務部長天猛公儒格。

值得一提的是，馬華公會的部長並未擔任正式職務，只成為緊急時期的“特別任務部長”，他們是敦陳修信、旦施利許啟謨、李孝友及李三春(擔任副部長)。

這是由於在五月十三日暴亂發生前的上午，馬華總會長敦陳修信宣佈馬華公會的議員不再參加內閣，也不擔任州行政議員職位，理由是華人拒絕馬華公會作為他們的代表。