聯盟在國會中贏得六十六個席位，比所需的半數(五十二席)超過十四席，仍然可以組織中央政府，但卻是聯盟自一九五五年參加競選以來所蒙受的最慘痛挫折。巫統的六十七名候選人，有五十一人當選；馬華只有十三人中選，國大黨則二人告捷。

除了回教黨繼績控制吉蘭丹州政權外，它在丁加奴、吉打、玻璃市也有所得，形成對聯盟政權的有形威脅。最嚴重的莫過於失掉了檳州執政權，在廿四個州議席中，民政黨奪得十六席組成檳州政府，聯盟只剩四席，概為巫統議員，馬華全軍覆沒，包括首席部長王保尼也告落選。換句話說，檳州啟開了材蒼祐醫生當政的時代。

抑有進者，一向被視為聯盟強區的雪蘭莪和霹靂，聯盟也失掉大多數席。在雪州的廿八個州議席中，聯盟只贏十四席，剛好半數，不足組成穩定州政府；而霹靂州共四十個州議席，聯盟只贏得十九席，未達半數，整個局面侷促不安。崛起的民主行動黨努力拉攏其他反對黨，尤真是民政黨和進步黨謀求在雪霹兩州聯合執政。但是聯盟方面也不放鬆努力，積極爭取民政黨及進步黨與巫統合作。巫統對於非馬來人的民行黨的奪取權力是至為戒心的。

根據雪蘭莪州憲法規定，除非是馬來人及信奉回教者，否則不能被委為州務大臣。但蘇丹有權在必要時無需依照憲法行事。雖然如此，很難想像在當時的緊張情況下，蘇丹會行使他的權力委任來自反對黨的非馬來人成為州務大臣。

事實上，當時巫統內部的激進派份子，已表達不滿的情緒，要求重新檢討聯盟的“三結合”結構，一邊促使首相東姑委任馬來人擔任更多和取回重要的部長職位，因為巫統派出六十七名候選人，有五十一人當選，算是表現不俗，馬華則派出卅三人競選。只有十三人中選。因此巫統應扮演更大的角色。另一邊，巫統內已鼓起運動，以早日結束東姑的權力。

這顯示巫統對選舉的結果有了新的看法，已似乎認為另兩個友伴拖累了聯盟，使它不能隱定局面，以致對馬華公會的表現不力感到失望。

雖然聯盟在大體上還是處在政治主流，情勢發展卻達到不可控制的階段。例如在一九六九年五月十三日的早上，民行黨秘書長吳福源會見了民政黨秘書長陳志勤醫生，勸使後者加入民行黨領導的雪州政府，且獻議陳醫生擔任副州務大臣，終未獲成功。其實，民政黨領袖在前一天已達致一項決定，即在雪霹兩州採取中立態度，不加入與巫統合作，也不與民行黨組聯合政府。不過，有關決定末即刻公諸報章。

吳清德博士(當時馬大歷史系講師)在一篇報導中說：“陳志勤醫生急切地要公佈一篇黨聲明，卻被海峽時報的記者菲力．阿比西納干勸講在五月十四日發表。作者在下午二時半左右會見陳醫生，當時他正要前往辦公所。陳醫生說民政黨肯定不會與民行黨及人民進步黨合作。他補充說，馬來人很是生氣，他淮備講一些話以使他們平靜下來。接著在較後時，海峽時報集團總編輯李秀毓打電話到陳醫生辦公室，促請他即刻發表有關聲明，因馬來人感到惱怒。李向陳醫生保證其聲明將刊在海峽時報的顯著版位上。約下午四時四十五分，民政黨急速的舉行記者招待會，宣佈在雪霹州議會控制權鬥爭上採取中立立傷。