由於寧甘較後撤消這條法案，保守黨在天猛公儒格領導下拒絕加入反寧甘陣線，暫時解決危機。可是這不意味著問題已告解決，砂州政府與中央政府的關係持續惡化。主要是寧甘堅持馬來西亞協定中的砂勞越的“特別地位”，並不事事遵從中央政策。例如他不要太快“馬來西亞化”公務員，而是主張婆羅洲化州行政，且同意將華文、伊班文與馬來文及英文一齊被列為官方用途。

東姑阿都拉曼於一九六六年二月訪問砂勞越時，試圖恢復“土著聯盟”概念，但是時未能獲得有力的支持。保守黨並不同意推翻寧甘政府，只有土著黨支持中央的觀點。此舉促使寧甘罷黜土署黨秘書長阿都泰益(當今的砂勞越首席部長)的內閣職位。這樣一來，砂州聯盟內演成親寧甘和反寧甘的派系鬥爭。

後來保守黨加入土著黨行列，結成廿一名議員(州議會內有四十二名議員)，以期擊垮寧甘政府。東姑堅持寧甘己失去信任，必須辭職，寧甘加以拒絕。馬來西亞政府決予干預，通過馬來西亞聯盟理事會，(非砂聯盟理事會)委任保守黨的伊班人達威施里，以取代寧甘(也是伊班人)成為砂州首席部長。

這樣一來，在六六年七月的時候，寧甘領導的國民黨宣佈退出聯盟，也在同時稟呈高等法院，要求宣判州元首的委任達威施里為首席部長是無效的，因它違反憲法。高庭聆審後，在九月七日宣判罷黜寧甘不合憲法。這一場司法鬥爭反映了中央與寧甘的關係已告破裂。

六六年九月六日，寧甘復職視事，東姑則聲稱問題並未結束。在九月十五日，馬來西亞最高元首在中央政府請求下，宣佈砂勞越進入緊急狀態。接著在廿日的國會議會上，三讀通過修改砂州憲法：授權砂州元首召開州立法議會及當首席部長已失去議會信任時，州元首有權罷免之。

在通過法案前，副首相敦拉薩指出，雖然馬印對抗已告結束，但過去數個月來，共黨活動遽增，情況已惡化到與馬來亞半島一九四八年時的程度，也指說共黨滲透人聯黨至為廣泛。同一天，政府發表一份長篇的《砂共威脅之白皮書》。